După consumarea schismei din 1054, ideea refacerii unităţii creştine era văzută diferit la Constantinopol şi la Roma. Dacă grecii voiau ca aceasta să se facă prin convocarea unui sinod ecumenic, papalitatea, începând cu Grigore VII visa spre o teocraţie universală în care toate bisericile erau unite şi supuse Romei, mama lor, iar papa se vedea pe sine dictând suveranilor ca suveran al lor. Unificarea bisericească era şi o condiţie preliminară a unei înţelegeri generale creştine pentru apărarea intereselor comune. Încercări de unire a Bisericilor s-au făcut pe tot parcursul secolului al XII-lea, iniţiativa, aparţinând fie grecilor, fie latinilor ( în anii 1098, 1112, 1161 etc.).
Încă de la urcarea pe scaunul pontifical (1198) Inocenţiu III făcuse din eliberarea Sfântului Mormânt ţelul pontificatului său, însă privirile lui erau aţintite şi asupra întregii Biserici creştine. În grija pentru reuşita cruciadei, Inocenţiu III ajunge în tratative cu Alexios III, cerându-i să ajute sau să organizeze el însuşi o campanie în Palestina. Bazileul trimite ambasadori la Roma, înmânând papei scrisori din partea sa şi a patriarhului Ioan X Kamateros prin care mărturisea dorinţa sa de unire a Bisericilor. Astfel, între anii 1198 –1202 între Roma şi Constantinopol s-a purtat o intensă corespondenţă care trata ele două probleme: cruciada şi unirea. Unirea trebuia să se facă prin întoarcerea Bisericii grecilor către scaunul apostolic întocmai ca fiica spre mamă. În faţa obiecţiilor patriarhului ecumenic că Biserica romană nu are cum să fie una şi universală (catholică), căci aceste atribute aparţin Bisericii lui Hristos în totalitate, papa răspunde că “Biserica romană este numai o parte din Biserica universală, însă cea dintâi şi cea mai importantă asemenea capului într-un corp. Ea este astfel numai pentru că plinirea puterii stă acolo şi numai o parte din plinire decurge asupra celorlalte…pentru că ea are toate celelalte sub dânsa. După adevăratul sens al cuvântului (catholică) numai Biserica romană este universală pentru că ea este singură şi a fost înălţată mai presus de celelalte…Biserica romană este mama credincioşilor pentru că ea a fost pusă mai presus de toţi prin privilegiul demnităţii sale.”
Învăţătura despre “plinirea puterii” care se află numai la Roma era foarte dragă lui Inocenţiu III şi el a folosit-o în orice împrejurare, atât în probleme bisericeşti cât şi laice. Lui Alexios III care dorea ca unirea să se facă în cadrul unui sinod, papa îi răspunde că “deşi constituţia Bisericii nu este sinodală el voieşte bucuros să întrunească un sinod, iar dacă împăratul se va supune Bisericii romane şi-i va da ascultare, atunci va fi făcută pacea cu el.”
Tratative de unire cu Inocenţiu III a deschis şi tânărul Alexios Angelos după ce reuşise să fugă din Constantinopol. Astfel Inocenţiu III se găsea între două oferte de unire a Bisericilor şi de ajutorare a cruciadei dintre care a lui Alexios cel Tânăr însemna un adevărat angajament de supunere formală a Bisericii greceşti faţă de cea romană. Ca să recapete tronul, tânărul Alexios nu s-a sfiit să prezinte cruciaţilor atacarea Constantinopolului ca expediţie de pedepsire pentru neascultarea şi lipsa de devotament a Bisericii greceşti faţă de cea romană. Astfel, ideea cuceririi Constantinopolului apărută la normanzi încă din prima cruciadă şi devenită populară în secolul următor, fiind adoptată de Franţa prin Ludovic VII şi Germania prin Friederic Barbarossa şi Henric VI se împlinea şi din cauza nesăbuinţei acestui prinţ care le aducea pe tavă argumentul forte: supunerea forţată sau nu a Bisericii greceşti faţă de Roma. Inocenţiu III se opunea însă acestei cuceriri, căci el domina insula balcanică şi pe cale paşnică. De aceea, în tratativele cu Alexios III papa îl asigura că nu va lăsa să fie atacat Imperiul Roman de Răsărit aşa cum plănuia Filip de Suabia, însă bazileul trebuia să dovedească prin fapte bunele sale intenţii de unire.
Opoziţia papei la atacarea unui stat creştin, chiar dacă schismatic era categorică şi în acest sens a trimis o scrisoare cruciaţilor, care se îndreptau spre Constantinopol. Idealul religios al lui Inocenţiu III era eliberarea Ierusalimului de sub musulmani şi abia apoi reunirea Bisericilor. Nevoia de flotă a cruciaţilor, lipsa de mijloace monetare ca să o poată închiria, apelul lui Alexios cel Tânăr, dorinţa lui Dandolo de a răzbuna pagubele suferite de Veneţia de la bizantini şi mai ales nevoia de a exploata Imperiul din punct de vedere economic au făcut ca latinii să se îndrepte spre Constantinopol, însă căutând să dea acţiunii o justificare religioasă: supunerea schismaticilor. Din experienţă cruciaţii ştiau că nici o încercare de unire a Bisericilor pe calea tratativelor nu ar avea viitor şi de aceea au prezentat cucerirea Constantinopolului ca singurul mijloc de unire care să reziste.
După primul asediu al Constantinopolului cruciaţii au scris papei pentru ase scuza. Ei şi-au motivat fapta cu ura grecilor faţă de latini, pretinzând că grecii au fost cei care au atacat primii. La sfârşitul scrisorii pentru a îmbuna pe papă, cruciaţii nu au uitat să adauge că noul împărat (Alexios IV) “promite încă de vă da ascultarea ce-au dat papilor împăraţii catolici, predecesorii săi, şi de a întrebuinţa toată puterea sa pentru a aduce la ascultarea voastră Biserica Răsăriteană”. Alexios IV însuşi după ce a fost încoronat scria lui Inocenţiu III, asigurându-l solemn de hotărârea sa de a uni pe greci cu Biserica Romei “Mărturisim că principala cauză care a făcut pe pelerini să ne ajute este că noi am făgăduit de bună voie şi cu jurământ că vom recunoaşte cu umilinţă pe pontificele roman de şef bisericesc a toată creştinătatea şi de urmaş al Sf. Petru şi că vom întrebuinţa toată puterea noastră pentru a aduce Biserica Răsăriteană la această recunoaştere…Vă repetăm aceeaşi făgăduinţă şi vă cerem sfaturile voastre pentru reunirea cu Biserica Răsăritului ”.
În răspunsul său papa îl felicita pentru unirea promisă, dar totodată l-a ameninţat că dacă nu-şi va ţine angajamentul luat nu va putea să-şi păstreze tronul. De asemenea papa trimite răspuns şi cruciaţilor, spunându-le că va judeca dacă intenţiile lor au fost sincere după rezultate, adică interesele Bisericii Romane să fie puse deasupra intereselor personale. Aceasta se va vedea numai dacă va primi de la bazileu patente ca să poată fi păstrate ca probe autentice a jurământului său de a uni Biserica, iar patriarhul îi va trimite delegaţie, care să recunoască întâietatea Bisericii romane, să promită supunere şi să-i ceară pallium= (mantia), fără de care exercitarea oficiului patriarhal nu ar fi posibil. Această pretenţie exagerată a papei ştergea dintr-o dată toată istoria şi toate drepturile Bisericii din Constantinopol; ea primea funcţie legală abia prin graţia lui Inocenţiu III. Papa care organizase o cruciadă pentru eliberarea Ierusalimului şi care se opusese categoric de la orice abatere, ameninţând şi excomunicând chiar pe veneţieni, tocmai el face din această unire o datorie a cruciaţilor şi un criteriu după care va considera binecuvâtată acţiunea lor.
