Problema unirii Bisericilor sub autoritatea Romei nu era numai problema lui Inocenţiu III. Cruciaţii înşişi căutau să o realizeze pentru a se reabilita atât înaintea papei, cât şi între ei. Unul din şefii cruciadei, contele de Saint Paul scria de la Constantinopol ducelui de Louvain astfel: “Noi am înaintat atât de mult în afacerea Mântuitorului, încât Biserica Răsăriteană a cărei patriarhie era odinioară Constantinopolul, fiind reunită cu papa, şeful ei dimpreună cu împăratul şi tot imperiul său după cum era din vechime se recunoaşte fiica Bisericii Romane şi voieşte a-i da ascultare cu umilinţă pe viitor. Patriarhul însuţi are să meargă la Roma spre a primi pallium şi a făcut aceasta cu jurământ împreună cu împăratul. ”
Curând după aceea Alexios IV a început să fie considerat trădător atât de către greci deoarece a promis supunerea Bisericii cât şi de latini deoarece amâna să plătească sumele promise. A urmat al II-lea asediu al capitalei pe care cruciaţii l-au luat pentru sine în urma unor excese de omor şi pradă care au indignat pe papă. După ce şi-au împărţit teritoriile şi demnităţile, cruciaţii au cerut papei recunoaşterea tratatului încheat între ei, justificând jaful cu argumentul sustragerii grecilor de la ascultare faţă de Roma. Marchizul de Montferrat scrisese papei că luarea Constantinopolului s-a făcut în principal pentru a face serviciu Sf. Scaun şi pentru a readuce pe greci la ascultarea ce era cuvenită. Noul împărat Balduin I scria papei că “ a făcut totul pentru onoarea sfintei Biserici romane şi pentru salvarea Ţării Sfinte şi cerea să se îngrijească de colonizarea noului imperiu cu populaţie latină şi mai ales să-i trimită clerici. Papa însuşi era invitat să vină la Constantinopol şi să ţină acolo sinodul ecumenic prin care să unească pentru totdeauna Roma nouă cu cea veche
Răspunzând lui Balduin I ( 7 nov. 1204 ), Inocenţiu III aprobă cerea cruciaţilor de a rămâne la Constantinopol pentru a consolida Imperiu dezlegându-i pentru aceasta de votul făcut pentru eliberarea Ţării Sfinte. Papa a promis că va purta de grijă să trimită cavaleri la Constantinopol ; Imperiul era pus sub protecţia Sf. Petru obligând pe latini să-l apere. Referitor la posibilitatea unirii bisericilor cu forţa, Inocenţiu III era circumspect din cauza ororilor făcute de cruciaţi “ Ei nu se pot hotărî la aceasta pentru că ei nu vedeau în latini decât crime şi lucrări ale întunericului şi pentru că îi urăsc ca pe nişte câini “. Pentru Inocenţiu unirea este posibilă doar printr-o minune . Totuşi judecăţile lui Dumnezeu sunt nestrăbătute…
Se poate ca Dumnezeu să vă recompenseze cu dreptate că aţi fost instrumentele propriei sale răzbunări… Să lăsăm chestiile îndoielnice. Ceea ce este sigur este că voi puteţi ţinea şi apărea pământul ce l-aţi câştigat prin decizia lui Dumnezeu cu condiţia că veţi restitui bunurile Bisericii şi veţi fi fideli Sf. Scaun şi nouă.” Suveranitatea papală era un ţel mare şi scump lui Inocenţiu III şi de aceea crimele deveneau virtuţi de îndată ce autoritatea Sf. Scaun era susţinută şi propovăduită. Cât priveşte bunurile pe care cruciaţii trebuia să le retrocedeze Bisericii acestea ar fi intrat în visteria Romei. Căutând să i se recunoască hegemonia, papa a căutat să pună mâna pe veniturile Imperiului însă a întâmpinat un refuz decent. Balduin I era de acord să dea ajutoare pentru Roma dar nu avea de unde. Impozite însă nu putea să dea pentru că într-un mediu politic atât de ostil, unde greci bulgari, vlahi şi turci se luptau fără oprire toate mijloacele erau absolut necesare.
Justificările cruciaţilor, că grecii sunt schismatici, sunt amplificate de Inocenţiu III care îi acuza că nici scriptura nu au înţeles-o corect, căci grecii “ tipul Sfântului Duh nu au înţeles de la latini tipul Fiului că Sfântul Duh purcede şi de la Fiul.”.
Pe baza acestor principii papa a luat măsuri de latinizare a grecilor, operă în care de altfel fusese precedat de cruciaţii înşişi. Balduin a stabilit la Constantinopol cler latin şi a numit canonici pe care i-a instalat la Sf. Sofia. Deoarece, conform tratatului titlul de patriarh revenea Veneţiei, canonicii l-au numit pe Toma Morosini, un tânăr de 20 de ani care nu ştia nici un cuvânt greceşte iar până la această cruciadă nu a avusese nici o idee despre situaţia reală din Imperiul bizantin. Procedeul nemulţumea pe Inocenţiu III care voia să dispună el de noul Imperiu şi de Biserică, dar interesele latine comune care puteau fi servite şi de patriarhul veneţian l-au făcut să fie acceptat. Totuşi papa a găsit că alegerea lui Morosini a fost necanonică şi de aceea în loc să confirme alegerea canonicilor de la Sf. Sofia, el l-a numit direct patriarh justificându-se astfel : “ cât despre persoana alesului ne este îndeajuns de cunoscută, atât nouă cât şi fraţilor noştri cardinali din cauza îndelungatei şederi ce a făcut-o lângă noi. Ştim că este de neam nobil şi cu bune moravuri, prudent şi destul de literat. Însă examinând cererea n-am găsit-o canonică pentru că laicii neavând nici o putere de a dispune de afacerile eclesiastice, patriarhul de Constantinopol nu trebuia să fie ales de autoritatea nici a unui principe laic. Afară de aceasta, clericii veneţieni ce se zic canonici de Sf. Sofia n-ar fi avut dreptul de a alege, nefiind stabiliţi în acea biserică nici de noi nici de legaţii noştri. Pentru această am casat această cerere în plin consistoriu. “. Apoi papa declară că voind a suplini această lipsă în Biserică, a cărui dispoziţie îi aparţinea doar lui, el numeşte patriarh pe acelaşi Morosini “ în virtutea plinirii puterii sale “. După Inocenţiu III nimic nu putea fi legitim în Biserică decât prin această deplină putere care aparţinea numai episcopilor Romei.
Astfel, chiar dacă la început titlul de patriarh suna neplăcut urechilor papei, pe 7 dec. 1204 Toma Morosini a fost numit patriarh latin de Constantinopol şi a plecat la Roma unde Inocenţiu III i-a conferit diaconatul, preoţia şi episcopatul ( mai înainte fusese ipodiacon ). Prin pallium şi ierarhie, patriarhul latin era legat direct de Roma ca un membru al clerului de lângă scaunul apostolic. Odată cu confirmarea, Inocenţiu III a dat o bulă în care spunea că ridică Biserica greacă la rangul de patriarhat în virtutea aceleiaşi depline puteri date de Hristos lui Petru. “ Deşi Biserica greacă nu este apostolică Sfântul Scaun a ridicat-o din praf şi i-a dat un nume mare făcând-o adică patriarhat şi a preferat-o Bisericilor din Alexandria, Antiohia şi Ierusalim. Şi deşi s-a abătut de la ascultarea datorată Romei totuşi, pentru că s-a întors la ea, cu rugăciunile lui Morosini scaunul apostolic o primeşte iarăşi în paza şi comunitatea sa. Astfel printr-un singur condei, papa îşi permitea să şteargă un mileniu de tradiţie creştină. Dacă Roma nu a recunoscut niciodată până atunci canonul 3 de la Sin. II Ec. şi canonul 28 de la Sin IV Ec., iată că Inocenţiu III o face fără să-l silească nimeni.
În 1205 papa îi trimite lui Morosini o scrisoare în care îl sfătuia cum să unească pe greci : acolo unde populaţia era greacă să pună episcopi greci dacă aceştia vor să primească hirotonia de la latini; acolo unde populaţia este amestecată să pună episcopi latini şi să asuprească pe greci dacă nu vor putea fi aduşi la ritul latin până când va primi indicaţii noi de la Roma.
Pentru a consolida şi latiniza noul Imperiu, papa a adresat o circulară episcopilor francezi, rugându-i să facă propagandă pentru a-l coloniza cu asigurarea indulgenţei ca pentru cruciadă. Erau invitaţi tot felul de oameni : clerici şi laici, nobili şi de rând, de ambele sexe şi de orice condiţie pentru a primi acolo bogăţii după meritul şi vrednicia lor. Astfel papa se făcea părtaş politicii de jaf dusă de cruciaţi. Colonizarea Imperiului era investită cu virtuţi de cruciadă, dar acum pe lângă indulgenţe, papa oferea chiar şi bunuri pământeşti. Printr-o altă circulară, Inocenţiu III cerea să se trimită la Constantinopol toate cărţile bisericeşti care prisoseau pentru ca “ Biserica de Răsărit să se asemene cu cea de Apus în lăudarea lui Dumnezeu.
Printre instrumentele necesare ofensivei ideologice în spaţiul ortodox era şi crearea unor instituţii de învăţământ pentru propaganda catolică. Încă de la începutul Imperiului latin, Balduin I a căutat să reorganizeze învăţământul din capitală. Într-o scrisoare către Inocenţiu III, împăratul şi-a exprimat dorinţa înfiinţării unui institut de învăţământ superior cu ajutorul Universităţii din Paris, dar profesorii de acolo au manifestat puţin interes. Un deceniu mai târziu s-a luat hotărârea de a se construi pe lângă catedrale şcoli gratuite pentru pregătirea preoţilor chiar şi în regiunile locuite exclusiv de greci. Pe la mijlocul secolului al XIII-lea s-a constituit un Collegium Constantinopolitanum pe lângă Universitatea din Paris frecventat de 20 de clerici de obârşie orientală care după absolvire urmau să se întoarcă în ţară. Împăraţii de Niceea şi Biserica greacă au răspuns propagandei catolice printr-un sprijin masiv acordat şcolilor publice şi mănăstireşti.
În privinţa metodei de unire papa preconiza ca aceasta să se facă prin tolerarea grecilor până la deplina lor supunere. Totuşi el se îndoia că unirea se va putea realiza. Deasupra deosebirilor de dogmă şi de mentalitate dintre cele două lumi s-a aşezat ura “ Trebuie să mărturisim cu durere şi cu ruşine că ceea ce s-a făcut favorabil Bisericii este numai în aparenţă şi se va întoarce în detrimentul ei. Căci cum să se întoarcă Biserica greacă la unitatea scaunului apostolic când vede la latini numai lucruri ale întunericului şi are oroare de ei mai mult decât de câini”, a spus Inocenţiu III după ce a aflat de la Petru de Capua proporţiile măcelului. În acelaşi fel Niceta Choniates scria că prin venirea latinilor la Constantinopol s-a popularizat schisma din 1054 pentru că “ între noi şi latini există o prăpastie de ură. Noi nu ne mai putem împăca cu ei sufleteşte ci ne tot distanţăm mai mult unii de alţii căci chiar saracinii s-au purtat mai cu milă decât latinii cu ortodocşii”.
Au existat şi câţiva fruntaşi ai clerului ortodox care au acceptat unirea din interes şi au recunoscut pe Toma Morosini şi prin el pe papă drept cap al Bisericii, însă marea majoritate a preoţilor şi poporul au rămas fideli ortodoxiei a cărei cauză este identificată tot mai mult cu cea a luptei antilatine.
