După a scurtă privire asupra evenimentelor secolului al XVI-lea putem rezuma următoarele: autoritatea regală se va întinde acum nu numai asupra Angliei. Eşecul anglicanismului în Irlanda arată totuşi limitele unei influenţe regale într-o insulă încă puternic dominată de nobilimea locală, pe care catolicismul o face să-şi îndrepte privirile spre Spania. Începută în 1599, dificila cucerire a întregii insule se încheie în 1603. O dată cu domnia lui Iacob I se întăreşte politca plantaţiilor, în Ulster fiind instalaţi colonişti englezi sau scoţieni, dar prezenţa lor provoacă o revoltă în 1641.
Relativa prosperitate a Angliei contrastează cu subdezvoltarea restului insulelor britanice, dar nu face din ea o ţară prea diferită de cele de pe continent. Extracţia cărbunelui de exemplu, din Nortumberland nu a jucat până la urmă decât un rol secundar şi evidentul dinamism economic din epocă este mult mai legat de producţia textilă din estul regatului şi de activităţile comerciale. Mutaţiile agricole începute în secolul al XV-lea o dată cu aşa numitele enclosures nu ne îngăduie să vorbim despre o revoluţie agricolă. Adevărata revoluţie o găsim mai curând în preţuri, a căror creştere, corolar inevitabil al creşterii demografice, a destabilizat desigur societatea.
În secolul al XVII-lea Ulster-ul ultimul bastion al civilizației celte din insulă este „cucerit” de britanici. Elisabeta I și Iacob I s-au confruntat cu revoltele nobililor Ulsterieni, O`Neill și O`Connell stimulați și de Spania catolică adversara Angliei „eretice”. Protestanții în schimb acuzau clerul catolic roman de corupție adăugându-și ca o completare, independența bisericii creștine gaelice incipiente vizavi de Roma. În 1600 Hugh O`Neill explica Papei revolta sa față de britanici, prin dorința de a realiza „pro romana et libertate patriae”. Aceștia au fost pe rând înfrânți iar data de 4 septembrie 1607 a rămas în istoria Irlandei ca „fuga conților din Ulster”. Cei doi sefi de clan și o numeroase personalități politice și culturale ale gaelilor au luat calea exilului pe continent (Franța). Au fost acuzați de înaltă trădare și condamnați la moarte iar bunurile lor au fost confiscate, astfel coroana britanică deținea acum cea mai mare parte a pământului Ulsterian. „Războiul de nouă ani” din Irlanda (1594-1603) a costat coroana britanică 2.000.000 de lire.
Regele Iacob I a încurajat centrul financiar (a preluat sarcina de a „civiliza” poporul irlandez, considerat barbar de englezi) a regatului să colonizeze teritoriile confiscate de la conţi. Între 1609-1610, englezii au împărţit 4.000.000 acri Centrului Financiar, Bisericii Anglicane şi coloniştilor. Comitatele Derry şi Armagh erau colonizate cu englezi, Tyrone şi Donegal cu scoţieni, Fermanagh şi Cavan cu scoţieni şi englezi. Scoţienii au adus în insulă o nouă confesiune: puritanismul, iar modalităţile de organizare a fermelor denotând un particularism socio-cultural puritan. Acestă colonizare a determinat transformarea nord-estului Irlandei într-o zonă cu totul deosebită de restul insulei. Mulţi irlandezi au rămas să lucreze în Ulster pe pământul coloniştilor.
În 1641, profitând de conflictul dintre regele Carol I și parlamentul britanic, irlandezii s-au răsculat împotriva englezilor. Acțiunile lor deosebit de violente au dus la masacrarea a 4000 de protestanti iar alți 8000 au murit de foamete (istorici protestanți au exagerat numărul victimelor unii avansând cifra de 150.000). Gaelii erau conduși de un Consiliu Suprem reunit la Kilkeny din iunie 1642.
Din 1642 Oliver Cormwell a început recucerirea insulei, fiind numit guvernator general al Irlandei. În 1649 după sfârșitul războiului civil Cromwell a debarcat în insulă cu 12.000 de soldați. Masacrul de la Drogheda (3000 catolici morți) sau cel de la Wexford vor rămâne de-a lungul secolelor momente emoționate pentru istoria gaelică. Rebeliunea din 1641 și reprimarea acesteia au separat emoțional cele două comunități pentru totdeauna. Cromwell a observat că nu putea conduce Irlanda exclusiv cu protestanți. Astfel el a înlocuit aristocrația irlandeză nimicită în urma rebeliunii cu clerici (teocrație).
Teritoriile irlandezilor au fost împărțite soldaților protestanți (parlamentul nu mai avea bani să îi plătească)astfel dacă în 1641 irlandezii dețineau 59% din pământ, în 1688 vor mai deține doar 20%.
Moartea lui Carol al II-lea (1688) și succesiunea catolicului Iacob al II-lea au dus la ce de-al doilea război civil englez. Iacob al II-lea a introdus legi prin care torela confesiunea catolică, a promovat în instituții și armată catolici. Aceste măsuri au provocat nemulțumirea parlamentarilor cărora le era frică să ca Anglia să nu ajungă din nou catolică. În 1689 protestantul Wiliam Cuceritorul a preluat tronul englez la invitația parlamentului de la Iacob al II-ea ce fugise în Franța. Martie 1689, Iacob al II-lea vine în Irlanda unde își construiește o nouă armată bazându-se pe suportul catolicilor. Bătălia finală (iulie 1690) se va da pe cursul râului Boyne și reprezintă simbolul confruntării catolico-protestante. Willliam a câștigat bătălia pierzând 400 de oameni iar Iacob 1300. Victoria a fost bine primită în Europa dominată de Franța, Iacob a fugit în Franța. În 1691 a fost semnat Tratatul de la Limerick prin care erau recunoscute drepturile catolicilor da a-și practica religia (după semnarea tratatului, restul forțelor iacobite s-au predat).
Persecuţia clerului catolic din prima jumătate a secolului al XVIII-lea a fost anunţată, de legea din 1698 „The Banishment Act” prin care se cerea expulzarea întregului înalt cler catolic din Irlanda. Parlamentul irlandez (majoritar protestant) a fost cel care a abrogat prevederile Tratatului de la Limerick. S-au votat legi prin care preoţii catolici să-şi abjure credinţa şi bararea accesului în funcţii administrative a catolicilor erau modalităţi prin care se urmărea distrugerea ierarhiei romano-catolice. Interzicerea învăţământului în irlandeză, oprirea orcăror achiziţii financiare a celor de confesiune catolică, împiedicarea înrolării în armată ori a exercitării unor profesiuni liberale nu au deztabilizat biserica catolică ci dimpotrivă au intărit-o. Lipsa unei elite politice irlandeze, a împins poporul spre biserică şi structurile sale.
Chiar dacă englezii au anulat dreptul irlandezilor de a învăţa în propria limbă, cultura gaelică sa menţinut prin literatura orală. Protecţionismul englez a provocat subordonarea economiei irlandeze faţă de cea britanică.
