Odată cu sfârşitul sec. II, Biserica este nevoită să se focalizeze asupra noilor modalităţi de organizare din cauza câtorva factori esenţiali: persecuţia – ca factor extern, şi al ereziilor – ca factor intern. Elaborarea canonului Noului Testament şi a unui credeu, a unei mărturisiri de credinţă – toate acestea conferă Bisericii două elemente esenţiale ce au dus la edificarea şi consolidarea vieţii spirituale şi organizatorice. Un alt factor şi poate că cel mai important, a fost apariţia autorităţii episcopilor monarhici care devin liderii principali ai comunităţilor religioase. Acest din urmă factor a creat elementul distinctiv pentru constituţia bisericii. În această perioadă, anul 170, menţionăm că termenul folosit pentru Biserică este catolică, adică universală, mondială, termen folosit pentru prima dată de Ignaţiu Teoforul. Se menţioneză că un anume episcop, din fiecare comunitate, a ajuns să fie recunoscut superior celorlalţi prezbiteri care aveau aceeaşi slujbă în Noul Testament – dar toate acestea s-au făcut din necesităţi mai mult practice şi teoretice, din nevoia de a avea o conducere pentru soluţionarea problemelor persecuţiei şi ereziei. Toate aceste aspecte au direcţionat spre consolidarea mai multor argumente şi crearea unui mediu favorabil pentru extinderea puterii episcopului, în special al celui de la Roma. Dintre toţi episcopii monarhici, autoritatea episcopului Bisericii din Roma a fost ridicată mult mai mult, aceasta datorându-se faptului că Roma era legată de mai multe tradiţii apostolice, dintre care sunt menţionaţi Petru care a fost primul episcop al Romei şi liderul apostolilor şi Pavel care a suferit martirajul la Roma.
Despre acestea aflăm mai multe de la Părinţii şi scriitorii bisericeşti din primele veacuri. La Sf. Clement Romanul, în scrisoarea către Corinteni, întâlnim câteva observaţii asupra ierarhiei eclesiale existente la acea dată. Astfel, el menţioneză despre arhierei, preoţi şi leviţi: arhiereilor li s-au dat sarcini proprii, preoţilor li s-au rânduit locuri proprii şi leviţilor (diaconilor) au stabilite slujiri proprii. Această “ierarhie bisericească nu lucrează, deci, la întâmplare, fiecare în rangul său, să mulţumească lui Dumnezeu în bună cunoştinţă, nedepăşind regula stabilită a slujbei sale.” Deşi Clement întrebuinţează în această scrisoare mai mult termenul de prezbiter, el desemnează atât preot cât şi episcop (cf. Epistola către Corinteni 47, 6; 54, 2; 57,1). Prin urmare, eclesiologia clementină, indică spre o ierarhie bine conturată şi care deja reflectă un element puternic al tradiţiei.
La Ignaţie al Antiohiei (Teoforul), concepţia de ierarhie e una originală cu un mare ecou în perioada patristică. Conducerea, pentru el era ierarhia bisericească, dar în frunte cu episcopul. În toate cele şapte scrisori, el recomandă comunităţilor ascultare de episcopi, de preoţi şi de diaconi, dar ascultarea de episcop este mai pronunţată, mult mai mult scoasă în evidenţă de Ignaţie. Prin urmare, la Ignaţie ierarhia bisericească e prezentată precis amănunţit, dar mai mult, şi explicată. Astfel, “episcopul e chipul Tatălui, preoţii sinedriul lui Dumnezeu şi adunarea Apostolilor, iar diaconii, slujitori, nu simpli slujitori la mese, ci slujitori ai tainelor lui Cristos.” Conform acestui episcop al Antiohiei reiese că în fruntea fiecărei comunităţi trebuie să fie un episcop dar episcopul nu concentrează în sine exclusiv întreaga ierarhie.
Prin aceste “modalităţi optime”, în vederea eliminării persecuţiei şi combaterii ereziiilor, din 313 Biserica Catolică cu o organizare gradată, episcop, preot, diacon, a devenit Biserica Romano-Catolică în care episcopul câştigă o poziţie semnificativă. Importantă însă, este această schimbare, aparent minoră, supremaţia unui anumit episcop asupra celorlalţi episcopi; el nu mai este egal cu ceilalţi în putere şi funcţie. Cairns menţionează că între 313 şi 450 episcopul din Roma era considerat ca “primul dintre egali”, dar din 440 odată cu Leon I, episcopul roman, pretinde o supremaţie asupra celorlalţi episcopi. Această periodizare istorică a lui Cairns nu este cea mai obiectivă, deşi orice periodizare este un mecanism artificial pentru a organiza într-o ordine pe diferite segmente mai uşor de mânuit, credem că Eusebiu dezvăluie sesizarea acestui schimb de accent, în ordinea autorităţii episcopale, ceva mai devreme. În Istoria eclesială, care redă evenimentele de până la 324, el indică spre o supremaţie a episcopilor faţă de celelalte trepte ierarhice şi de asemenea, o subliniere a supremaţiei episcopului Romei faţă de ceilalţi. Astfel că, forma episcopală de organizare devine cea dominantă şi universală în lumea creştinismului, centrată la nivel de episcopat la Roma, cu episcopul ei, care aduna sub autoritatea sa mai multe dioceze. Odată cu expansiunea bisericii se remarcă dezvoltarea cultică şi tendinţa unei ierarhii mai complexe, astfel că oficiile în special cele diaconale se multiplică şi ajung să formeze în final ordines minores. Pe la mijlocul sec. al III-lea existau astfel de noi oficii dintre care menţionăm: sub-diaconarul (ipodiaconul), un ajutor; asistă şi îl ajută pe diacon; cititorul (citeţul), cel care citeşte Scriptura în adunare şi are grijă de cărţile bisericii; acolit (dascăl, paracliser) slujitor, însoţitor al episcopului în slujirile şi procesiunile oficiale; exorciştii, cei care se roagă şi pun mâinile, ca să scoată spiritele necurate din cel posedat şi după catehumenare asistă la botez. Această putere este considerată un dar special; dirijorul (de cor) care se ocupă mai mult de partea muzicală a liturghiei, psalmilor, binecuvântărilor şi refrenurilor exclamate de cei prezenţi; portar (paracliser) care stă în naos; catehicii, interpreţii – când limba în care se liturghiseşte, nu este înţeleasă; dar aceştia conlucrează cu prezbiterii, diaconii sau cititorii. Astfel de termeni ca arhidiacon – ca titlu (şi funcţi) apar în sec. IV.
Devine tot mai pronunţată această formă de conducere, episcopală, care se dezvoltă în episcopate monarhice, începând cu sfârşitul secolului I şi evidenţiindu-se tot mai mult în secolele ce au urmat. O problemă a constituit-o departajarea organizării bisericii, dezvoltarea prezbiteriatelor distincte de episcopate – instituţii ce din sec. II devin oficiul spiritual suprem. Harry Boer, sugerează că aceste episcopate monarhice au început să fie numite metropole episcopale. În cinci din marile centre creştine, metropolele episcopale, capătă un alt titlu, patriarhii. Acestea erau: Roma, Constantinopol, Alexandria, Antiohia şi după 451 Ierusalimul. Patriarhia din Roma devine centrul bisericii, în special, în partea de vest a imperiului, şi astfel apare un centru în care episcopul devine Papă, sub autoritatea căruia intrau celelalte episcopii cu eparhiile lor. Totuşi, Scaff observă că, episcopatul este perceput ca fiind distinct şi de clerici şi de laici.
Un alt aspect important de menţionat este cel liturgic. În contextul celor analizate mai sus, se sublinează faptul că, sfintele taine, cina şi botezul, au ajuns să fie ritualuri ce puteau fi îndeplinite corespunzător numai de un ierarh acreditat (hirotonit). Astfel că aceste două sacramente, cu riturile lor, devin condiţionate doar de exercitarea funcţiei preoţeşti. Elementul cel mai semnificativ, în favoarea acestor schimbări, l-a constituit imperiumul, cu toate implicaţiile sale, creştinismul devenind cultul oficial al imperiului Roman, acesta ajungând foarte curând de unde a plecat, identificându-se şi conformându-se cu perceptele lumii seculare, care vor fi cadrul dezvoltării creştinismului dar care invocă şi un şir de probleme teologice şi eclesiologice. Ca reacţie la faptul că Biserica este tot mai mult secularizată, au existat două mişcări: în primul rând, închinarea comună a bisericii timpurii este înlocuită cu liturghia oficială, oficiată doar de clerici şi în al doilea rând, apariţia monasticismului ca reacţie la noua “societate creştină”.
Pe lângă acestea, Bruce observă că serviciile euharistice din Roma, în Tradiţia Apostolică scrisă de Hipolite, dacă nu le punem la îndoială, conţineau elementul liturgic identic cu liturghia din Roma şi alte biserici din timpul acela. Această observaţie ne indică spre o unitate liturgică care depindea încă de Roma, unitate care avea să se diminueze la scurt timp. Apariţia clericilor, susţine Schaff, a avut la bază ca şi element primordial poziţia creştinismului în imperiu. Totuşi, apariţia unei liturghii oficiale, în comunităţile creştine, invocă o anumită poziţie a clericilor care din punct de vedere sociologic devin centrul unităţii iar din punct de vedere teologic sunt abordaţi ca împărţitorii harului lui Dumnezeu prin sfintele taine.

