Începutul anilor `90 nu a găsit Spania într-o situaţie mai liniştită. În 8 decembrie 1990 în Sabadell (Catalonia), un atentat cu maşină capcană ucidea 6 poliţişti; 29 mai 1991 în Vic (Catalonia), atentat cu maşină capcană îndreptat spre sediul Gărzii Civile – 4 morţi di rândul gardienilor şi 5 copii; 6 februarie 1992: 42 de kilograme de explozibil sunt aşezate într-o maşină capcană, ucigând 4 membrii ai Gărzii Civile şi un oficial.în piaţa Cruz Verde din Madrid.
Una dintre cele mai puternice lovituri primite de radicalii basci s-a petrecut în 1992, când au fost arestaţi liderii E.T.A. (cupola E.T.A.): Francisco Mujka Garmendia (Pakito) – liderul militar, Jose Luis Alvarez Santacristina (Txelis) – liderul politic, Jose Maria Arregi Erostarbe (Fiti) – liderul logistic. Arestarea celor trei a destabilizat reţeaua organizaţiei, astfel E.T.A. a trebuit să se reorganizeze. Autorităţile s-au confruntat imediat după arestare cu un val de violenţe în Ţara Bascilor, efectuate de simpatizanţii E.T.A. – lupte între diferite bande, atacuri cu Molotov, etc.
În 1995 E.T.A. înlocuieşte vechea platformă politică KAS Alternative, cu u nou plan: Democratic Alternative. E.T.A. promitea încetării activităţii sale armate în schimbul: recunoaşterii de către guvernul spaniol a suveranităţii poporului basc, asupra pământului basc; dreptul de autodeterminare; eliberarii prizonierilor politici E.T.A. Guvernul spaniol a fost nevoit să respingă absurda ofertă deoarece încălca Constituţia spaniolă. În acelaşi an Jose Maria Aznar, preşedintele Partidului Populas (conservator) a scăpat cu viaţă în urma unui atentat E.T.A.
18 septembrie 1998, radicalii basci au declarat unilateral o încetare a focului şi începutul discuţiilor cu guvernul spaniol. Această stare de fapt a durat până în anul 2000.
Din anul 2000, organizaţia îşi va relua activitatea până în 2006. Începând cu anul 2001 tot mai multe demonstraţii anti – E.T.A. vor împânzi oraşele Spaniei, amintind protestele din 25 mai 2001 când sute de spanioli au protestat faţă de uciderea jurnalistului Santiago Oleaga Elajabarrieta sau comemorarea poliţistului Luis Ortiz de la Rosa de către sute de madrileni în 11 iulie 2001.
Ostilitatea crescândă a societăţii spaniole faţă de terorism, a dus la o mai mare libertate a personalului angrenat în structuri de securitate în a aresta şi încarcera teroriştii. În 24 august 2001 poliţia spaniolă arestează 6 suspecţi E.T.A,. în suburbia Barcelonei, Terrasa; 8 octombrie 2003, 34 de indivizi suspectaţi a fi membrii E.T.A. au fost arestaţi; 9 decembrei 2003, poliţia franceză arestează comandantul militar E.T.A. Gorka Palacios1.
În 11 februarie 2004 E.T.A. anunţă încetarea ostilităţilor în Catalonia. Organizaţia îşi explica gestul prin: dorinţa comună a celor două popoare pentru independenţă.
Probabil una dintre cele mai negre dimineţi din istoria Spaniei a fost cea din 11 martie 2004. Sute de morţi, zeci de răniţi au căzut victime atentatelor întreprinse de fundamentaliştii musulmani, în numai câteva secunde… Guvernul spaniol condus de Jose Maria Aznar a învinovăţit iniţial E.T.A. pentru cele petrecute, dar după câteva ore îşi va modifica poziţia. Această eroare va costa mult Partidul Popular în alegeri, socialiştii obţinând majoritatea şi implicit guvernarea. Din 11 martie 2004, opinia publică spaniolă a devenit şi mai ostilă ideii de violenţo politică.
După numai câteva luni de la ceasul blestemat al dramei madrilene, E.T.A. trimitea un nou comunicat prin care făcea cunoscută voinţa grupului de a-şi continua lupta. După câteva zile doi lideri marcanţi ai E.T.A. vor fi arestaţi. În 3 octombrie Mikel Antza şi Anboto sunt arestaţi. După ultimele evenimente şi arestări, se pare că şefii operaţionale de astăzi ai E.T.A. ar fi Mikel Albizu şi Inaki Tenteria ambii locuind în Paris. Din 2003, organizaţia bască şi-a extins colaborarea în America Latină, iniţiind contacte cu Ejercito Zapatista de Liberacion National (EZLN).
În iunie 2005, Parlamentul spaniol a acceptat reluarea convorbirilor cu E.T.A: dacă dezarmează. Peste 250.000 de spanioli au demonstrat împotriva oricărei forme de dialog cu teroriştii basci cerând luarea unor măsuri mai radicale care să determine distrugerea organizaţiei.
Martie 2006: ETA anunţă o încetare a ostilităţilor (armistiţiu permanent) din 24 martie 2006. Militanţii basci se justificau astfel: „obiectul acestei decizii este de a conduce spre procesul democratic”. 1
Decembrie 2006, la nouă luni după declararea armistiţiului permanent ETA îşi reia activitatea printr-un atentat produs în Aeroportul Internaţional din Madrid, unde au murit două persoane. Ca urmare a acestui atentat, primul ministru spaniol, Jose Luis Rodriguez Zapatero, a suspendat dialogul cu ETA.
